Klubovi koji su dobili licencu za učešće u UEFA takmičenjima u Prvostepenom postupku su: FK''Sarajevo''- Sarajevo, NK''Široki Brijeg''- Široki Brijeg, FK''Željezničar''-Sarajevo, HŠK''Zrinjski''- Mostar i FK''Velež''- Mostar. Klubovi koji su dobili licencu za učešće u takmičenjima Premijer lige BiH u Prvostepenom postupku su: FK''Sarajevo''-Sarajevo, NK''Široki Brijeg''- Široki Brijeg, FK''Željezničar''- Sarajevo, HŠK''Zrinjski''- Mostar i FK''Velež''- Mostar, NK''Travnik''-Travnik, NK''Gošk''- Gabela i OFK''Gradina''- Srebrenik.

Klubovi koji nisu dobili licencu u Prvostepenom postupku za učešće u UEFA klupskim takmičenjima su: FK''Borac''- Banja Luka, NK''Čelik''- Zenica, FK''Olimpic''-Sarajevo, FK''Slavija''-Istočno Sarajevo, NK''Zvijezda Gradačac''- Gradačac, FK''Leotar''-Trebinje, FK''Radnik''-Bijeljina, FK''Rudar-Prijedor''- Prijedor, NK''Travnik''-Travnik, NK''Gošk''-Gabela i OFK''Gradina''Srebrenik.

Klubovi koji nisu dobili licencu u Prvostepenom postupku za učešće u Premijer ligi BiH su: FK''Borac''-Banja Luka, NK''Čelik''-Zenica, FK''Olimpic''- Sarajevo, FK''Slavija''-Istočno Sarajevo, NK“ Zvijezda Gradačac''- Gradačac, FK''Leotar''-Trebinje, FK''Radnik''-Bijeljina i FK''Rudar-Prijedor''-Prijedor.
Svi klubovi su imali pravo žalbe Drugostepenoj komisiji za licenciranje klubova.

Dana 27.05.2013.godine, održana je sjednica Drugostepene komisije za licenciranje klubova NS/FS BIH. Na sjednici se odlučivalo o žalbama klubova ''Borac'', Čelik'', ''Olimpic'' i ''Zvijezda- Gradačac'' na odluke Prvostepene komisije o odbijanju licence za učešće u UEFA-inim klupskim takmičenjima za sezonu 2013/2014, te o žalbama klubova ''Borac'', Čelik'', ''Olimpic'', ''Zvijezda- Gradačac'', ''Slavija'',  ''Rudar-Prijedor'', ''Radnik'' i ''Leotar'' na odluke Prvostepene komisije o odbijanju licence za učešće u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014.

Drugostepena komisija je donijela sljedeće odluke:

1. FK'' Borac''- odbija se izdavanje licence za UEFA-ina klupska takmičenja (finansijski kriterij), a izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
2. FK''Olimpic'' - odbija se izdavanje licence za UEFA-ina klupska takmičenja (finansijski kriterij), a izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
3. NK''Čelik'' - odbija se izdavanje licence za UEFA-ina klupska takmičenja (finansijski kriterij), a izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
4. NK''Zvijezda-Gradačac'' – izdaje se licenca za UEFA-ina klupska takmičenja kao i licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
5. FK''Radnik''- izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
6. FK''Leotar''- izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
7. FK''Rudar-Prijedor''- izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014;
8. FK''Slavija'' - izdaje se licenca za takmičenje u Premijer ligi BiH za sezonu 2013/2014.

Administracija za licenciranje NS/FS BIH je dužna obavijestiti UEFA-u o Odlukama o izdatim/odbijenim licencama u postupku licenciranja za sezonu 2013/2014 do 31.05.2013.godine.

Administracija za licenciranje klubova je cijelo vrijeme u postupku licenciranja pružala podršku svim klubovima Premijer lige BiH kroz održavanje seminara, davanjem uputstava, organizovanjem pojedinačnih sastanaka sa predstavnicima klubova kod kojih su uočena problematična područja, a sve u cilju ispunjenja propisanih kriterija.

Ispitivanje i ocjena ispunjenja kriterija obavljaju se po procedurama propisanim Pravilnikom o licenciranju klubova NS/FS BIH (izdanje 2013), UEFA  Pravilnikom o licenciranju klubova i finansijskom fair-playu (izdanje 2012) i UEFA  Standardom kvalitete licenciranja klubova (izdanje 2012) kojim su propisana načela, metode i procedure ocjenjivanja ispunjenja kriterija i upravljanja sistemom. Ključni proces provodi se uz strogu primjenu načela povjerljivosti i nezavisnosti svih osoba koje u ime Davaoca licence učestvuju u postupku licenciranja klubova. 

Klubovi koji će učestovati u UEFA-inim klupskim takmičenjima u sezoni 2013/2014 biće podvrgnuti UEFA-inom nadzoru (monitoringu) u okviru Finansijskog fair-play-a, zaključno sa 30.06.2013. Naime, do 15.07.2013 će se morati dokazati da redovno izvršavaju obaveze prema uposlenicima (uključujući i igrače sa ugovorima) i/ili državi (porezi i doprinosi za zaposlenike), te drugim klubovima nastalim iz osnova transfera igrača, a koje se obaveze odnose na period 01.01.2013-30.06.2013. U slučaju nepravovremenog izmirenja spomenutih obaveza, isto će se morati dokazati i za period do 30.09.2013, sa obavezom obavještavanja do 15.10.2013. U slučaju propusta, UEFA-ino tijelo za finansijsku kontrolu klubova izreći će disciplinske mjere prekršiocima a skladno ranije spomenutom Pravilniku.

U narednom periodu, Odjel za licenciranje će pripremiti detaljne analize mjerljivih podataka prikupljenih tokom prethodnih postupaka licenciranja, da bi se na svim nivoima odlučivanja ocijenilo koje bi još mjere bilo potrebno uvesti i provoditi kako bi rezultati bili još kvalitetniji, ne samo na nivou organizovanosti i stabilnosti klubova, već i organizovanosti i učinkovitosti Davaoca licence.