Žrijebanje parova šesnaestine finala Kupa BiH u takmičarskoj 2006/2007 godini će biti izvršeno u utorak, 12. 09. 2006. godine, u Sarajevu u 12 sati (KSC „Skenderija“, galerija 'Colegium artisticum').
Prema Propozicijama takmičenja, u završnom dijelu Kupa BiH učestvuje 16 klubova Premijer lige, te 10 klubova iz Nogometnog saveza Federacije BiH i šest klubova iz Fudbalskog saveza Republike Srpske, koji su stekli pravo učešća u šesnaestini finala Kupa BiH putem kup takmičenja u okviru entitetskih saveza.
Pored klubova Premijer lige BiH, u završnom dijelu Kupa BiH učestvuju: NK Zvijezda (Gradačac), NK TOŠK (Tešanj), FK Bosna (Visoko), NK Stanić Kreševo (Kreševo), NK Branitelj (Mostar), FK Mrkaljević (Čelić), NK Odžak 102 (Odžak), NK Tomislav (Tomislavgrad), NK Sloga (Bosanska Krupa-Otoka), FK Goražde (Goražde), FK Rudar (Prijedor), FK Famos (Vojkovići), FK Ljubić (Prnjavor), FK Drina (Zvornik), FK Kozara (Gradiška), FK BSK (Banja Luka).
Utakmice šesnaestine finala Kupa igraju se prema jednostrukom kup-sistemu, a na rasporedu su u srijedu, 20. 09. 2006. godine u 15.30 sati.




























