Voljom žrijeba, sastaće se:
Široki Brijeg - Modriča Maxima
Čelik – Borac
Željezničar - Sarajevo
Slavija - Goražde ili Mrkaljević
Utakmice četvrtfinala igraju se po dvostrukom kup-sistemu.
Prve utakmice igraju se 08. 11. 2006. godine u 13:30, a revanš 22. 11. 2006. u 12:30 sati.
***
Prije žrijebanja održana je sjednica Komisije za takmičenje NS/FS BiH, koja je razmatrala žalbu NK Mrkaljević iz Čelića na revanš utakmicu osmine finala Kupa koju je taj klub odigrao protiv FK „Goražde“, a u kojoj su Goraždani slavili nakon izvođenja penala. NK Mrkaljević uložio je žalbu navodeći da je za FK Goražde nastupio igrač koji nije registrovan za taj klub.
Komisija nije donijela odluku po žalbi, te je zakazala novu sjednicu za utorak, 31. 10. 2006. godine u 12:00 sati, do kada će pribaviti dodatne dokaze na osnovu kojih će utvrditi činjenice neophodne za donošenje odluke.
